میکروسکوپ های اینورت (Inverted Microscopy)  دارای منبع نور و کندانسوری هستند که در بالای محل قرارگیری نمونه جای دارند، در حالی که عدسی های شیئی این میکروسکوپ‌ها در زیر استیج تعبیه شده‌اند. استفاده از میکروسکوپ اینورت یک تکنیک بسیار محبوب برای تصویربرداری از سلول‌ها و ارگانیسم‌های زنده است. با استفاده از این میکروسکوپ می‌توان سلول‌های زنده را از زیر یک فلاسک کشت سلول مشاهده کرد. بر خلاف میکروسکوپ‌های معمولی که نمونه‌ها بین یک پوشش و یک اسلاید فشرده می‌شوند در میکروسکوپ اینورت سلول‌ها داخل محیط کشت و در شرایط طبیعی و استریل مورد تصویر برداری قرار می‌گیرند. در میکروسکوپ اینورت نمونه هیچ تماسی با صفحه نگهدارنده نمونه ندارد و شرایط نمونه به‌صورت استریل باقی می‌ماند.
میکروسکوپ اینورت نیاز به آماده‌سازی نمونه که کاری زمان‌بر و هزینه‌‌بر است، ندارد. زیرا نمونه‌ها برای این میکروسکوپ نیاز به آماده‌سازی یا تهیه برش در نمونه‌های بزرگ ندارند.